コンパイルするにはCLASSPATHにsrcとclassesが必要なんて知らなかったよー。
C:\clojure>java -cp d:\usr\clojure\clojure-1.1.0.jar;.\src;.\classes clojure.main Clojure 1.1.0 user=> (compile 'clojure.examples.instance) clojure.examples.instance user=>
参考:
http://stackoverflow.com/questions/607368/problem-compiling-in-clojure